De vereniging wordt bestuurd door een bestuursorgaan, waarvan de leden worden aangesteld door de Algemene Vergadering.
Het bestuursorgaan is bevoegd voor het algemeen, het materieel en het financieel beleid van de Scholengroep, alsook voor het personeelsbeleid en bepaalde aspecten van het pedagogisch beleid.
De bestuurders zijn geëngageerde personen, die vanuit hun maatschappelijke functie, hun specialisatie, hun interesse en hun expertise, bereid zijn samen te werken om kwaliteitsvol onderwijs te realiseren in de scholen van de vzw Scholengroep Sint-Michiel.
De bestuurders worden benoemd door de Algemene Vergadering voor een termijn van vijf jaar. Hun mandaat is tweemaal vernieuwbaar.
Het bestuursorgaan is momenteel als volgt samengesteld :
Voorzitter : mevr. Caroline Flipts en de Hr. Antoon Vanhuyse
Leden : de Hr. Luk Anseeuw, de Hr. Johan Declercq, mevr. Mieke Dejonckheere, mevr. Griet Desmet, mevr. Ann Dequae, de Hr. Frederik Desplentere, de Hr. Jan-Vincent Lefere